肠道微生物的主要作用是通过支持消化、免疫调节和维持身体健康。肠道微生物群落失衡会导致菌群紊乱，进而引发多种疾病。近年来，在获取肠道微生物群落构建过程方面取得了显著进展，综合研究了有益菌群落的构建、有益菌群落的和谐育种设计、功能性组分的构建、以及构建高效微生物群落（SynComs）的成功组合、微生物组成和谐调节的影响，并提出了恢复肠道菌群平衡、促进健康平衡的策略。目前，该领域正处于快速发展阶段，应用广泛，尤其关注改善动物和人类健康。我们深入研究了微生物工程的重要性、其以往的应用及其对肠道健康的影响，以及我们未来面临的挑战。
引用
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微生物群落由多种微生物组成，包括主要细菌、真菌、致病菌和古菌，以及通常共同生活在同一环境中的菌群[1]。肠道微生物组成对身体健康至关重要，影响消化、免疫和心理健康[2]。许多因素会影响肠道微生物群落，导致肠道微生物菌群失调，例如食物和饮料、地域、年龄、饮食以及其他健康和疾病问题，并引发多种癌症和代谢性疾病，以及自身免疫性疾病和传染病[3, 4]。最新的技术进步加速了大规模肠道微生物的构建，使我们能够更深入地了解微生物组成及其对宿主健康的影响[5, 6]。
目前，科学界正开展全球合作，共同推进肠道微生物群落的研究。必须强调的是，这一讨论至关重要，它关乎胃肠道平衡的调节、恢复肠道菌群的平衡以及增强其有益功能[2]。在此背景下，用于肠道微生物组装的战略性先进技术正被应用于改善动物、人类和人类的健康。本研究总结了肠道微生物研究的关键先进技术，并介绍了肠道微生物组装过程、不同策略的应用以及各项研究进展。最后，我将展望肠道微生物工程未来面临的挑战。
肠道微生物研究
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过去十年，我们一直致力于微生物组成研究，并构建微生物组成图谱，以了解其对健康和疾病的影响。我们利用16S rRNA进行第一代测序（NGS），分析了内部空间区2（ITS2）的分布，以及细菌和真菌群落组成。我们还建立了一套详细的微生物分类方法。
肠道微生物研究中间工艺策略
生态系统特征通常决定了微生物群落内部复杂的系统发育关系、代谢产物以及它们与宿主之间的相互作用网络。在这种情况下，肠道微生物可能受到扰动，导致宿主和环境发生变化，例如疾病/贫瘠、适应性下降、生长缓慢或活力减弱。通过肠道微生物群落的组装过程，可以改变微生物组成，改善宿主表型，并有利于生态系统[20]。迄今为止，肠道
未来展望
微生物工程的未来蕴藏着巨大的潜力，关键在于增强微生物的组成、功能和控制能力，而当前的策略是利用特定且精确的工艺。前沿技术，例如基础编辑[47]、基础过程、代谢过程以及合成生物学的系统合成，能够精确操控微生物的基本基团，从而满足特定的治疗需求并构建生物系统[48]。
