1.手術繁瑣
一般要2-4次就診才能完成。病人要承受的痛苦也較大。
2、價格昂貴
例如在美國一顆牙齒的手術一般需要1，000美元，如加上牙冠則可達2，000美元。
3.可能失敗
消毒不徹底導致牙髓腔再次感染，導致需要拔牙。具有4根根管的臼齒，第四根管容易被錯過，導致失敗。另外形狀異常的根管，消毒充填過程中也可能不徹底。根管治療手術失敗後不一定需要拔牙。
根管治療迄今仍是牙髓和根尖周病的主要方法。因此人們非常關注根管治療的療效，尤其是一些經過高標準治療仍然失敗的原因一直深受醫師的關注。
4.解剖學因素
包括側支根管、副根管、根尖分歧和根尖分叉等。
治療過程中的醫源性因素如根管側穿未發現，根管超填，冠部封閉狀態欠佳及治療過程中紙尖、棉捻的遺留等。
根管內微生物感染未受控制，近年來根管外的感染尤其受到學者們的關注。
目前對於根管失敗的再治療，首選仍是保守性根管治療，即透過分析失敗原因選擇合理的根管治療手段，如超音波、雷射、微波等，選擇對根管細菌敏感的藥物處理根管，採用垂直的熱加壓充填技術充填側支根管、副根管等。
在保守治療無效的情況下，可以考慮根尖手術，但要嚴格掌握適應徵和禁忌症。根管治療失敗的再治療成功率，以保守治療約66%，失敗率為23%，根尖手術成功率為59%，失敗率為19%，二者無顯著差異。
四、根管治療
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過程中疼痛的原因及處理
治療過程中或是治療後疼痛劇烈、腫脹或長時間不舒服可能的原因及處理方法
1.根管治療的過程中治療器械超出根尖空損傷根尖周圍組織，造成組織水腫(根管預備後出現疼痛)。
2.根管預備時將根管內的壞死組織和細菌推出了根尖孔，造成了根尖的急性炎症(經常是患牙雖然神經死了但是不痛，醫生治療後出現疼痛)。
3.根管消毒中药物渗出根尖孔造成化学性根尖周围炎(提示患者治疗中应按时复诊)。
4.处理牙髓的过程中根尖出血(一次性根管治疗或局麻下拔髓中止血非常关键)。
以上情况需依照急性发炎处理，对牙齿做适当的调磨，全身输液消炎，待发炎消除后再行治疗。对于已经根管充填的患者经过处理后会逐渐改善。
5、遗漏有感染的根管。需要找到被遗漏的根管，然后做根管充填治疗。
6.根管充填不到位。需要重新做根管充填治疗。
7.根管充填时牙胶超出了根尖孔对根尖造成刺激
8.慢性根尖周围炎根尖发炎无法透过根管治疗完全
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消除。
以上两项需透过根尖手术将根尖的发炎去除。
9.根分叉病变无法透过根管充填解决问题。
10.牙周牙髓联合病变—逆行性牙髓炎。
以上两项需要做牙周处理、降低咬合，如实在无法保留可以考虑拔除。
11.牙齿本身有隐裂，虽完善根管治疗，但无法解决患牙长时间咬合痛。需尽早冠套修复，如无法保留应尽早拔除。
12.由于患牙位置特殊，根管充填过程中器械超出根尖孔或是根充糊剂超出根尖孔对下齿槽神经造成刺激。尽早使用营养神经药物、局部物理治疗、微波处理，通常三个月后会逐渐改善。
13.周围其他牙齿的问题。找到其他牙齿尽早治疗。
