生殖系統感染是女子手淫的苦果之一，也是不育的重要根源。未婚女子陰道防衛功能尚不十分健全，陰道粘膜比較脆弱，在異物的刺激下容易發生充血水腫及粘膜損傷，從而為病菌侵入大開方便之門。如果手淫工具不衛生，那就更易發生感染。某地一位高中學生，用剛從菜地里摘來的黃瓜進行手淫活動，由於黃瓜上有農藥，結果不僅使陰道發生劇烈疼痛，粘膜嚴重損傷，還導致全身農藥中毒。有些女子喜歡用燈泡之類的玻璃製品作為手淫工具，結果燈泡破裂，碎玻璃嵌入陰道，引起陰道外傷乃至大出血。像這樣的不潔手淫，難免發生陰道炎、宮頸炎、子宮內膜炎以及輸卵管炎，嚴重者還可導致腹膜炎、敗血症。反復的炎性破壞，輸卵管內膜及肌層均可導致創傷，如瘢痕形成、粘膜纖毛坏死，最終會導致輸卵管的梗阻及蠕動功能障礙，婚後可嚴重影響卵子、精子的運行及受精卵著床，導致不孕或宮外孕。經常手淫的未婚女子，盆腔瘀血綜合徵、痛經等病的發生率也相當高。手淫造成的心理障礙，也可造成不育。有些女子由於頻繁手淫，身體罹患疾病，加上婚後性生活難以獲得理想的效果，結果思想負擔重，有的人還可發生性冷淡，給生育增添了許多困難。
此外，有些女子對生殖器官的位置不清楚，手淫活動中常將尿道誤為陰道。某院曾收治一位急性尿瀦留的女青年，經檢查膀胱內有金屬異物。原來，她曾用鍍鉻金屬棒插入尿道頻繁刺激，當時只感到舒服和滿足。據研究，尿道具有一定的”吞咽”能力，加上女性尿道比較短、直，當用較短的異物作為手淫工具時，尿道很容易將異物吸入膀胱內。那位女青年發現金屬棒吸入尿道後，心情十分緊張，想立即求醫，但害怕遭到他人嘲笑，又怕暴露真相後受到父母的斥責，就這樣忍受痛若達１年之久，直到發生急性尿瀦留才不得不上醫院求醫。泌尿系反復感染與生殖系感染可互相影響，並可能形成惡性循環。
