破壞陰道內微生態環境
陰道微生物菌群主要棲居在陰道側壁的粘膜、皺褶中，其次在陰道穹窿和宮頸處。健康婦女陰道排出物中的活菌數為100~1億個/毫升。目前公認的陰道正常菌群中最重要的成員是乳酸杆菌，其數量可達8000萬個/毫升，其功能主要是保護陰道不受外來菌的侵襲，是陰道的“健康衛士”，所以醫學上常以陰道分泌物中乳酸杆菌的數量來確定陰道的清潔度及判斷陰道自潔功能的好壞。有學者調查了40名健康育齡婦女，92.5%都有乳酸杆菌，而更年期婦女則僅有60%。如果經常使用陰道清潔液衝洗陰道，乳酸杆菌就會更少。
降低生育率
美國學者觀察848位已婚婦女發現，用陰道衝洗液衝洗陰道的婦女，預期妊娠每月降低了30%，年輕者較年長者降低更明顯。其原因可能是陰道的酸堿度和微生態環境發生改變，病原菌繁殖生長，導致某種疾病的發生，最終導致不育症。
